新疆生建设兵团军垦博物馆的前身是1988筹建的石河子军垦博物馆，1995年开馆至今，已接待外游客150万人次以上，年均接待量达25万人次，是全第一家反映军垦历史的博物馆。1995年9月至2004年10月，馆址设在原二十二兵团领导创业旧址内，陈展面积仅168方米。2004年在石河子军垦博物馆的基础上，将石河子市市级文物保护单位军垦第一楼改扩建成为新疆兵团军垦博物馆，于2004年10月10日新疆生建设兵团成立五十年之际开馆并举行了隆重的揭牌仪式。